La pareja vivía en casas contiguas en Belsize Park, Londres; Helena había sido dueña de una casa allí y Tom más tarde la compró al lado, que convirtieron para conectar las dos.
Aunque nunca se casaron, dieron la bienvenida a dos hijos juntos: su hijo Billy Raymond, de 16 años, y su hija Nell, de 12.
Sin embargo, después de unos 13 años juntos, la relación se rompió y la pareja siguió su propio camino.
El 23 de diciembre de 2014, Bonham Carter y Burton anunciaron que se habían «separado amigablemente» a principios de ese año.